本分署前身為法務部行政執行署嘉義行政執行處，於民國90年1月1日成立，成立時除繼受原地方法院（臺灣嘉義地方法院、臺灣雲林地方法院）辦理尚未結案之財務與罰鍰案件外，並受理各移送機關依相關行政法規移送之案件，101年1月1日因組織改造，奉行政院核定更名為法務部行政執行署嘉義分署，依行政執行法、強制執行法等法規暨相關行政規則，辦理公法上金錢給付義務之行政執行事件。

本分署機關設在嘉義市東區中山路96號(原臺灣嘉義地方法院檢察署)，並在雲林縣斗六市公園路73號，設雲林行政執行官辦公室，為了服務偏遠地區於104年3月26日成立台西便民服務站、104年7月28日成立大阿里山區石棹服務站。105年2月23日與嘉義區監理所及阿里山鄉公所簽署跨機關聯合便民備忘錄，成立聯合服務站。

管轄區域範疇為嘉義市、嘉義縣及雲林縣。嘉義市共有東區、西區等二區，嘉義縣共有太保市、朴子市、布袋鎮、大林鎮、民雄鄉、溪口鄉、新港鄉、六腳鄉、東石鄉、義竹鄉、鹿草鄉、水上鄉、中埔鄉、竹崎鄉、梅山鄉、番路鄉、大埔鄉及阿里山鄉等十八個鄉鎮市，雲林縣共有斗六市、二崙鄉、斗南鎮、崙背鄉、虎尾鎮、麥寮鄉、西螺鎮、東勢鄉、土庫鎮、褒忠鄉、北港鎮、台西鄉、古坑鄉、元長鄉、大埤鄉、四湖鄉、莿桐鄉、口湖鄉、林內鄉及水林鄉等二十個鄉鎮市，共計三縣市四十個行政區。

112年1月至12月新收案件739,556件，終結案件有740,092件，執行案件義務人(主要服務對象)739,556人次(男526,936人次、女175,058人次、法人37,562人次)，待執行的金額60億7,795萬元，上級要求一年徵起的責任額為4億8,678萬元，實際徵起的金額9億6,579萬元。

(112年12月22日更新)

由於執行案件數量相當龐大，唯有注入企業化之經營理念，追求低成本、高效率之績效管理制度，方能永續發展。值此政府財政困難之際，如何運用企業經營之理念，以投入最小人力與物力，獲致最大之產出效益，發揮行政執行機關設置之功能。一方面伸張公權力、確保國家公法上金錢債權之實現、提昇執行績效、增加政府財政收入；一方面遵守依法行政並依公平合理之原則，兼顧人民權益之維護，乃為本分署努力的目標。